קורס אנטומיה ופיזיולוגיה של מכללת מהות הינו קורס בן 120 שעות לימוד, המקנה ידע בסיסי ברפואה מערבית הנדרש מכל מטפל. הקורס כולל תכנים כגון מבנה התא, רקמות, מערכת הלב, מערכת כלי הדם, מערכת החיסון, מערכת הנשימה, מערכת השתן, המערכת האינדוקרינית, מערכת העיכול, מערכת המין, מערכת העצבים, השלד והשרירים, העור ופתולוגיה.
הלימודים בקורס אנטומיה ופיזיולוגיה נפרשים על פני 24 מפגשים, כל מפגש בן 4 שעות, במסלול ערב או בוקר.